Капський варан населяє відкриті простори, у тому числі сільськогосподарскі угіддя: степи, савани, луки, поля і пасовища. Однак цей вид може зустрічатися і в берегових лісах і рідколіссях, чагарниках. Хоча ці варани відсутні в тропічних лісах, генетичний аналіз передбачає, що пояс тропічних лісів не перешкоджає генетичному обміну між популяціями в Гвінеї та прибережних полях. Залишковий «лісовий пояс» є мозаїкою ділянок лісу та сільгоспугідь, які ящірки, можливо, могли колонізувати. Ці ящірки зустрічаються удосталь у багатьох областях, але через потайливу поведінку їх рідко бачать.